次日上朝時，王綰又奏道：“陛下，秦國一統，方圓萬里之遙。可是燕、齊、楚三國距離關中最遠，朝廷不好管理，臣恭請陛下分封幾位王子為王，前去鎮守。這樣，王子即能得到封賞，邊遠之地又平安無事，真是兩全其美。”群臣聽了王丞相的建議都表示贊同。可是有一人持反對意見，此人就是廷尉李斯。李斯今年已經六十二歲了，因文才出眾，嬴政很是器重。此時見眾人都勸始皇帝分封王子，他卻反對道：“陛下，萬萬不可再實行分封制啊！想想周朝初年，周王所封的侯王很多，可是到了後來，這些侯王彼此互相攻伐，天子也無法控制，以致出現了國內紛爭的局面。現在秦國剛剛建立，在全國推行郡縣制就可以了，不應該再實行分封制啊！”

李斯的話剛說完，王綰反駁道：“周武王伐紂成功，建立周朝就大封功臣。如今陛下重新平定了海內，功臣在統一六國的戰爭中立下了汗馬功勞，如不封賞就是違背古制。陛下的王子很多，又拿什麼來封賞他們？”李斯坦然道：“這好辦。各位王子和功臣用奉祿和官爵重重地賞賜就行了，若再度置王封侯，很不妥當啊！”隗狀也認為不封賞不行。始皇帝沉默良久，道：“六國已經統一了，不論遠近都是秦國的土地，正所謂‘溥天之下，莫非王土；率土之濱，莫非王臣’。今後再不能稱他們為國家，只能稱為某某地。國家實行分封制好，還是郡縣制好，這關係到秦國的安危興衰，不可草率下結論。眾愛卿下去再好好討論一番，明日早朝時再議。”群臣齊聲稱是。

次日上朝，群臣依然贊同分封制。李斯仍然堅持郡縣制。始皇帝沉默了半天，他抬起頭來，用那睿智的目光掃視着階下的百官，然後非常自信地說：“從五霸爭雄到七國紛亂，各國之間互相用兵，戰亂不休，兵禍延綿，天下生靈苦不堪言。後來周天子幾乎是名存實亡，這是因為侯王存在的緣故啊！孝公用商鞅變法之時，就已經倡導郡縣制。朕幸好憑恃着先王的威靈，一統六合。現在若再度封王置侯，是自樹其敵，萬不可行。廷尉的建議非常正確啊！不過，諸位將軍平定六國，功績卓著。尤其是朕的愛將王翦老將軍，朕怎能忘記他？從前商鞅封為商君，張儀封為武信君，蔡澤封為剛成君，魏冉封為穰侯，范雎封為應侯，呂不韋封為文信侯，但他們只享受封地上的賦稅，而不就國，這與周朝的分封大不相同了。朕現在也效法古制，大封功臣。”於是和博士們議定，封王翦將軍為武城侯，王賁為通武侯，父子二人進爵為徹侯。趙亥為建成侯，將軍成為昌武侯，馮毋擇為武信侯，進爵為倫侯。始皇帝又說：“諸位愛卿與朕一起治理國家。為了國家的長治久安，朕不再封賞各位王子，這也不算是違背古制了吧，啊？”群臣聽了始皇帝的話，只好稱讚說：“陛下英明，現在廢除封建舊制，推行郡縣之局，這將是千秋不衰的盛事啊！”

始皇帝聽了大家的稱讚，滿心歡喜道：“廷尉李斯建議實行郡縣制，非常附合秦國的國情，現將李斯也進爵為通武侯。”李斯聽後大喜謝恩。始皇帝又道：“郡縣制度由來已久，它是隨着我國的強大而出現，也是秦國的舊制了。以前惠王設了漢中郡，昭襄王設了南郡、黔中郡、南陽郡，庄襄王設了三川郡和太原郡，讓有才能的人擔任郡守。朕是開天闢地以來的第一位皇帝，也應該效仿古制，在全國推行郡縣之局，將天下劃分成郡。郡守掌管一郡的事務，郡丞和郡尉分管文武之事。監御史考察全郡的官吏。郡下是縣，全縣的事務由縣令掌管，縣丞和縣尉所管之事與郡丞和郡尉相同。另外，朕不能忘記歷代先王的功勞，着官員在渭水南岸修建祖廟，建章台宮，朕要祭祀先祖。朕還想在咸陽的北阪仿建六國的宮室，往東延伸宮殿群，把六國擄來的美女、鐘鼓、佳石、異木等奇珍寶玩全部填置其間，從而使秦國成為天下名副其實的第一強國！”他那尖炸的剛音在空曠的咸陽大殿內迴響，聲音震顫着每個角落。根據始皇帝的決定，明詔天下：秦國廢除了周代的分茅封建之制，實行郡縣制，將全國劃分成三十六郡。

根據郡縣制度，郡守是一個郡的最高行政長官，郡丞輔佐郡守管理全郡的行政事務和刑獄，郡尉負責全郡的軍事和治安，而郡御史又負責考察全郡的官吏，嚴密注視各級官吏對朝廷政令執行的情況。郡以下的行政機構是縣和道，內地叫縣，偏遠地區叫道，縣和道是平級的，官制略同。還規定：縣令是一縣之長，享受萬戶以上封邑，萬戶以下的叫縣長。縣下設鄉、里、亭等機構，鄉和里是行政機構，亭是治安組織。鄉又設三老、嗇夫、游繳等官吏。三老負責宣講法令和教化民眾的事務，嗇夫負責徵收賦稅和審理訴訟的事務，游繳負責巡邏和治安的事務。鄉下設里，里正負責組織生產。亭與鄉、里並無隸屬關係，是治安系統的基層組織，屬縣尉和郡尉的派出機構。亭有亭長，主要職責是管理治安。這樣強化了郡縣制，使地方官吏權利互制，都不能攬權，朝廷管理地方的權利大大加強。

在朝廷，皇帝大權獨攬，一切官吏的任免由他決定。為了維護嬴氏的一姓統治，防止大權旁落，始皇帝還運用了分權制衡的統治策略來駕馭群臣，就是設制了三公和九卿。三公指丞相、國尉、御史。九卿是奉常、太僕、少府、郎中令、治粟內史、典客、衛尉、廷尉、宗正。丞相是百官之首，分左右，是一官二制，互相制約。丞相的權利又要受到御史大夫的節制，丞相的軍權又為國尉分割，重要官員在地位、職責和權利方面都處於互相牽制的狀態，改變了以往執政大臣平時治民，戰時帶兵，出將入相的傳統，從體制上防止了權臣專橫的局面，從而使軍政大權集於皇帝一人之手。

數月後，皇帝又發布了幾道詔令：改稱老百姓為黔首或黎民；議定統一的法律制度，以《秦律》為國家大法；規定了長度、重量、容量的標準；國家之幣分為二等，黃金為上幣，以鎰計量，二十兩黃金為一鎰，銅錢為下幣，每枚為半兩，形狀是方孔圓形，定為全國流通的錢幣使用。同時廢止六國刀形、布形、蟻鼻錢等各種形狀的舊幣。而珠玉、龜貝、銀錫之屬，做為器飾寶藏之用，不再作為貨幣流通；還統一了文字，全國通用小篆，以李斯書寫的《倉頡篇》，胡毋敬的《博學篇》為標準，頒行全國，作為文字模板，同時廢除了六國的文字；天下各郡縣的官吏，清查各地戶口。凡是世家貴胄，富戶及地方名士，一律勒令遷居咸陽，以便就近監察；又將天下險要地方的關塞和大郡的城郭，堡壘全部夷平，打通了各通道。一系列的詔令都是始皇帝和他的大臣商議後頒布實行的，全國人民積極響應，國家實現了真正的統一。歷史上稱始皇帝為秦始皇。李斯追述秦始皇的功勞說：

追念亂世，分土建邦，以開爭理。攻戰日作，流血於野，自泰古始。

世無萬數，施及五帝，莫能禁止。乃今皇帝，一家天下，兵不復起。

災害滅除，黔首康定，利澤長久。