使者來到碣石，見盧生已經跑了，就抓住了幾個無關緊要的人。使者四處通緝盧生，見他逃得無影無蹤，就只好把這幾個人帶到咸陽來始皇帝。皇帝就審問他們，這些人便說了前面的那些話。始皇帝聽說盧生逃走時還如此痛罵他，勃然大怒，道：“朕招募方術之士，無非是讓他們替朕尋找長生之術，多年過去了，國家已經耗費了數以億計的錢財，徐福還拐走了幾千名童男童女，茅盈勸朕修建蘭池，竟然一無所獲，現在盧生又如此冒犯朕，使天下之人都指責朕的過失。這些術士實在是可惡至極！”李斯早對方術士不滿，又因為咸陽的讀書人都痛罵他，就趁機進言道：“陛下，臣已經調查過了，這些方術之士個個刁鑽奸詐，不學無術，只會用歪門邪道來騙錢，沒有一個是真心替陛下求福的。可恨的是他們還與咸陽的一些儒生混在一起，大肆謗政，謾罵朝廷，惑亂人心。此現象比以前更加嚴重了，有些人還對朝廷的禁令無動於衷，尤其是焚書之後，咸陽的一些文學士子，他們公然聚在一起，不是在大聽廣眾之下，還是在街巷小胡同里大發牢騷，痛罵陛下，詛咒陛下，甚至還有人企圖煽動人們起來造反！盧生的話和他們如出一轍，請陛下納臣之諫，堅決制止這種事情，千萬不能讓這些豎子亂了秦國的法度啊？”李斯還搜羅了許多證人，說儒生們是怎樣罵皇帝的。
始皇知道了這些情況後，確實就惱了，他便痛心地說：“朕招募文學之士，就是為了讓他們替朕建言獻策，謀求國家的建設發展，他們卻和術士們勾結在一起，謗政辱朕，這就是圖謀不軌！”於是即刻降詔，把咸陽所有的方術之士和儒生們全部抓起來，就有七八百人。
那些掌管監獄的官員為了顯示他們的才能，就對這些人嚴刑逼供。這些人中，確實也有很多人見自己沒有了書讀，就罵皇帝是混蛋，也議論說這就是baozheng。官員就把人名一一上報。始皇心想：全國的典籍都燒了，讀書人還可以用自己的學問來褒貶時政，若是把他們都殺了，謗政之風就一定會停止。就問李斯：“違犯禁令的人很多，應該怎麼處治？”李斯道：“周朝的時候，人們紛紛著書立說，向君主表達治國的觀點，他們都稱為賢人。現在國家統一了，法律和各項制度也統一了，人們的思想和言行也應該統一。焚書之前，朝廷就已經有令在先：‘有妄議朝政和談論詩、書即百家語的，通通要治罪。’現在應該按照詔令執行。”始皇帝就把違犯禁令的四百六十多人全部定為死罪，並且通令全國，立即停止言論自由。這樣自春秋戰國以來，社會各階層興起的賢哲名儒，他們著述立說，百家爭鳴的局面就到此結束了。
始皇帝焚毀詩書，又殺了一些讀書人，怕引起朝中學者們的不安，一日就召集眾博士，試探着問他們：“朕聽說五帝實行禪讓制，而夏商周三代的君王實行世襲制，朕應該如何傳承王位呢？”眾博士怕招來災禍，都不敢說話。博士鮑白令之卻上前道：“陛下想以天下為公，就應該實行禪讓制度，想以天下為私，就實行世襲制度。五帝是以天下為公有，三王是以天下為私有。”始皇仰天長嘆道：“朕德高三皇，功過五帝，當然是實行禪讓制了，誰人可以在朕之後接替天下呢？”鮑白令之看出了始皇的真實想法，就直言不諱道：“陛下行桀、紂之道，推行baozheng，想實行五帝的讓賢制度，不是本意啊！”始皇聞言大怒，道：“狂徒，竟敢詛咒朕？你憑什麼說朕行的是桀、紂之道？快說來聽，不然就殺了你！”鮑白令之不慌不忙地說：“陛下修建上接雲霄的射雁台，又修建連綿五里的阿房宮，在殿前鑄造重達千石的大鐘鼓，萬石的鐘鼓架。你又開鑿大陵，挖到地下千丈深；建宮室，從雍門往東長達三百里。宮娥嬪妃成千上萬，歌舞雜技藝人充滿宮室。陛下為一己之歡而耗盡了天下的資財，偏頗自私而竭盡全國的民力，您豈能與五帝比德，又怎能以天下為公有？您說這話，真是大言不慚啊？”始皇帝聽了這話，簡直氣的滿臉通紅。
眾博士都嚇得魂不附體，認為鮑白令之該遭殃了，可是過了老半天，始皇卻大笑道：“令之這話，實在是讓朕在眾人面前出醜啊？朕不行禪讓，就該行世襲。那你說說，朕的皇子中，哪一個能做繼承人？”鮑白令之道：“扶蘇為人賢孝仁慈，又是長子，難道不是合適的人選嗎？”秦始皇心想：扶蘇確實是唯一的人選，不過他過於仁弱，又無勛勞於國，立為太子豈能服眾？應該找機會讓他在大風大浪中歷練一番才對。這時突然有一個人闖進宮來，口中大叫：“陛下，不可以啊！不可以！”眾人大吃一驚，都向殿門口望去。
只見扶蘇疾步來到了皇帝的面前，跪地祈求道：“陛下，國家安定沒幾年，六國的百姓尚未歸附。”始皇帝道：“你小子想說什麼？”扶蘇道：“聽說陛下要殺讀書人，他們都是聖賢之徒，犯了什麼罪？非要殺掉他們嗎？兒臣擔心此舉將會失掉民心的。”眾人非常震驚，都想剛才鮑白令之衝撞了龍顏，現在扶蘇又來批逆鱗，都替公子捏一把汗。始皇帝卻漫不經心地說：“這群讀書人實在是可惡，竟然和方術之士勾結，無視朕威，妄議朝政，殺了他們以示國法無情。你替他們求情，真是糊塗蛋！”扶蘇道：“陛下，術士可惡，可儒生無辜，殺之不祥啊！兒臣只替眾儒生求情，您想想看讀書人沒有了書讀，他們能不罵人嗎？請陛下赦免他們吧？”始皇呵斥道：“你小子懂什麼？朕下達焚書令時，有言在先：誰敢誹謗朝政，妄議朝廷之事，就要滿門抄斬，現在不誅連他們的家人，已經是仁至義盡了。這些狂徒竟敢無視朕威，胡亂謗政，不殺他們，何以服眾？你小子既不懂治國之術，又不知孝道，還敢來教訓朕？你現在即刻離京，到北方去做蒙恬將軍的監軍，監督修建大道，等大道修好了朕要視察北方。沒有朕的詔令，你不得善自入京！”言畢，就讓人寫了一道詔令，立即遣送公子出京。扶蘇大驚失色。
次日，始皇痛恨徐福害得百姓骨肉分離，又氣惱茅盈欺騙了他，盧生詛咒他，還有眾儒生痛罵他，一氣之下，就把這些人全部定為死罪。這些人中，大部分是方術之士，也有少數極端仇秦者，還有一些是愛發牢騷，沒有真才實學的酸儒，聖賢之徒也佔少部分，總共四百六十多人，可謂是良莠不齊，魚龍混雜，現在沒人能救得了他們，就被秦軍驅趕出城，押往渭水之濱的洪坑溝行刑。
就在大家出城的時候，有一位年輕的女子站在路邊，望着隊伍中的丈夫哀傷流淚。始皇帝正好出城，看見了她，就下車走到女子的身邊道：“你為誰而泣？”女子道：“為夫君而泣。”始皇道：“你知道他犯禁而不檢舉他，你可知罪？”女子不慌不忙地回答：“小女子聽說實行德政的君王就像天上的北斗星一樣，坐在自己的位置上，眾星都朝着它。君王為了殺掉這些手無寸鐵的弱者，而親自大駕光臨，人們如何仰視您？”始皇大驚失色，就詫異地看着女子道：“秦國素來以法治國，他們是犯禁者，理應處死，這有異議嗎？”女子回答：“君王知道禾苗和雨露的關係嗎？”始皇道：“此話怎講？”女子答道：“七八月間，禾苗枯槁，冬天就死亡。可當來年春風吹來，天公便油然作雨，禾苗又蓬勃生長。如果君王施仁愛於百姓，就像天降甘霖於禾苗，這樣君王就無敵了！”始皇帝心裡更加欽佩她，就道：“朕以法來衡量世間的一切，如果拋棄了法理，而改用仁義，就不是以身作則了，又如何做天下的表率？”女子繼續說：“左右的人都說這個人可殺，不要聽；諸大臣都說殺，還是不要聽，國人都說殺，君王再仔細考察一番，發現卻有可殺之罪再殺之，所以說這個人是國人殺的，這樣的君王才能做萬民之父母。”始皇帝面帶愧色，道：“朕定法在前，而法是國人遵守的準則，現在朕如果聽了你的話赦免了你丈夫，就是徇私枉法，法律就成了一紙空文，朕將如何面對天下的百姓？”女子道：“小女子聽說桀、紂之所以失天下，是因為失去了百姓，失去了百姓其實就是失了人心。得天下也是有方法的，就是先要得到民心，得民心者得天下，這話人人都知道但卻做不到。”始皇就非常欽佩地說：“朕可以赦免你的丈夫！”
忽然身後有人高聲道：“王子犯法與庶民同罪，更何況他只是臣的女婿！陛下今天能赦免臣的女婿，天下之人都會認為您懷有私情！”始皇回頭一看，原來是李斯。李斯就上前道：“按照陛下的詔令，若有人犯禁，不檢舉者同罪。現在臣治家不嚴，以致於臣的女婿也敢犯禁，不僅要治他的罪，就是他的妻子也不例外！”李燦聽了這話，幾乎癱倒在地。始皇帝大驚，才知道她就是李斯的小女兒李燦。始皇帝就道：“如此說來，丞相也脫不了干係啊？”李斯大驚，就趕緊垂首恭立一旁，不再言語了。
始皇就對李斯道：“丞相養了個好女兒，她不能沒有丈夫啊？”李斯道：“陛下若真愛護百姓，就應該修明刑罰。臣聽說晉文公從前召集諸侯大夫於侍千宮，可是他的一位寵臣顛頡遲到了，大臣們就問該怎麼處治。文公說殺了他。監斬官就斬了顛頡，並且拿他向國人示眾。晉國人從此膽戰心驚地道：‘顛頡如此受寵，都被正法，何況我們！’後來文公發兵攻打曹國和五鹿，軍隊接連獲勝，又打塌了鄭國的城牆，還把衛國的田地改為東西壠，後來又與楚國決戰，取得城濮大捷。他命令三軍前進，將士就像水往坡下灌一樣快；他命令三軍停止，將士就像是斬斷了雙腳一樣立刻停下。三軍將士沒有一人敢違抗命令，就是這麼一次借故行刑的緣故，晉國從此就大治了。還有周公旦殺了管叔，流放了霍叔，天下人都說：‘親兄弟有了罪都不能免刑，何況疏遠的人！’當周公旦的刀鋸加於朝廷之上時，國家也就大治了，所以說修明刑罰的道路可以達到不用刑罰。今天陛下能殺臣之女婿，天下人一定會說：當今皇帝執法，既是丞相之婿都不能赦免，何況別人。如此秦國的大治就在眼前了，請陛下明察？”秦始皇聽了李斯的這番話，只好讓人把胡勝帶走。李燦就非常生氣地轉身離開了。
扶蘇拿着詔令出宮後，就哭着回家向母親說明情況，然後帶上隨從就離開了咸陽。他們一行人向北迤邐而行。扶蘇邁着沉重的腳步，他馬也不騎，滿腦子都是儒生的影子。一個時辰後，忽然有人從後面追了上來，道：“公子！”原來扶蘇平素為人仁德賢孝，他知道父皇要殺儒生，但從心裡不相信，就派了幾個人偷偷地跟着去看，他要確切地知道那些犯禁者究竟被父皇怎麼處置。這幾個人看清楚後就聲色慌張地跑來報告：“公子，那四百人真的被活埋了啊！”扶蘇一聽，驚得目瞪口呆。他們又說：“我們奉了您的命令，就在城外等侯，那四百多人就全部被趕往渭水之濱的洪坑溝。有些人不想死，他們就往外跑，可是他們都被綁着，根本逃不掉，就被驅趕在溝底里。一會兒，一聲號炮響後，谷口兩旁的山坡上就扯起了木排，土石一齊滑下，就將谷口給封死了，然後又用箭射，一會兒就聽不到聲音了啊！”
扶蘇聽完，撲騰一聲跪在了地上，他面朝咸陽方向悲嘆道：“蒼天呀！你為何要如此殘酷地懲罰我大秦國啊？”一聲蒼天，聲淚俱下。忽然一陣大風吹來，無情的沙塵吹打在他的臉頰上。這時左右的人就扶起了他。扶蘇用袖子遮住臉，踉蹌着向北方而去。後人把坑殺儒生的地方稱為‘坑儒谷’。